三六協定は、時間外労働または休日労働をさせるについて、労使間で締結することを要件とされている協定であり、使用者は締結された協定を労働基準監督署に届け出なければ、時間外労働または休日労働はさせられない（届出が効力要件とされている点に留意されたい。締結はしたが届出をしないと効力は生じない）。このように、時間外労働または休日労働をさせる要件として、三六協定の締結を求めるのは、時間外労働または休日労働をさせる条件が、従業員の福祉にとって受け入れられるものであるかどうかを、従業員の側に判断させるためである。協定締結は事業所ごとに締結し、それぞれを管轄する労基監督署に届け出ること。勤怠管理に関する詳しい内容はこちらのサイトがわかりやすいかと思います。ただし、企業全体を網羅する労組がある場合は、労組と社長との協定をそれぞれの監督署に届け出ればよい。